Tras perder por los 16avos de la Copa Argentina, Estudiantes quedó en deuda y terminó eliminado a manos de Central Córdoba, con quien perdió 2 a 1 en Córdoba.
Luego de lo que fue la coronación en la Copa Argentina 2023, Estudiantes retomó su camino en la competencia. Como ocurrió con Patronato, el campeón en la edición anterior, el Pincha fue el protagonista del primer partido que abrió la serie de los 32avos de final.
El debut en la doceava edición de la Copa Argentina fue ante Argentino de Monte Maíz en el cruce 7 del cuadro principal. Dicho encuentro tuvo lugar en el Estadio Néstor Díaz Pérez de Lanús, mismo reducto donde se consagró campeón ante Defensa y Justicia y donde repitió la victoria, en este caso, por 3 a 0 ante el elenco de Córdoba.
Siguiendo con el cuadro, Estudiantes quedó en deuda y perdió 2 a 1 por los 16avos de final por Central Córdoba de Santiago del Estero, ante quien tuvo una noche para el olvido y quedó afuera de la copa, en el Estadio Julio César Villagra de Córdoba.