En su debut en Universidad de Chile, Javier Altamirano tuvo una destacada actuación con gol incluido.
Tras marcharse de Estudiantes, Javier Altamirano hizo su estreno con la camiseta de Universidad de Chile, que goleó por 6 a 1 a Recoleta, por la primera fecha del Grupo C de la Copa Chile. El ex jugador del Pincha, marcó el quinto tanto del equipo a los 85 minutos del partido.
Cabe recordar que el chileno arribó en agosto del 2023 al Pincha, momento en el cual firmó un contrato hasta diciembre del 2026, por lo que, tras salir a préstamo con cargo hasta diciembre de este año, a su regreso, le quedará uno más de vínculo con Estudiantes.
Luego de que la posibilidad de salida de Javier Altamirano haya quedado trunca, Universidad de Chile reactivó las gestiones.
Gustavo Álvarez, entrenador del elenco chileno, posteriormente destacó en conferencia de prensa: "Me pone feliz, primero por él como persona y también como jugador. Esto es una gran alegría a nivel personal y también a nivel futbolístico. Está a un nivel muy alto y hoy lo ha ratificado en la competencia. En ese sentido, estoy muy feliz con su regreso".
Retomando lo que fue la temporada pasada para el chileno, no fue nada buena. Luego de la convulsión que sufrió en el encuentro contra Boca por la Copa de la Liga, jugado en marzo del 2024, su carrera profesional pasó a un segundo plano.
Con una recuperación que duro menos de lo que se preveía, volvió a los entrenamientos en la pretemporada, pero cuando se aprontaba para volver a jugar, tuvo un accidente automovilístico que lo volvió a sacar del fútbol. A pesar de esto, el 10 de noviembre del 2024 volvió en el empate 1 a 1 ante Central Córdoba en el Estadio Madre de Ciudades.