Se sorteó el fixture del Torneo Apertura 2025, donde Gimnasia quedó eliminado de la Zona B a una fecha de que finalice el torneo.
Continúa la acción en el Torneo Apertura 2025 donde Gimnasia debutó ante Instituto en Córdoba, con una dura derrota por 3 a 0 ante el elenco dirigido por Pedro Troglio. El certamen cuenta con dos zonas de quince equipos, con catorce partidos, uno interzonal que será el respectivo clásico, y otro más donde enfrentará a Unión.
Los mejores ocho de cada zona jugarán los octavos de final en estadio del mejor equipo clasificado, lo mismo que los cuartos de final y semifinal. Por su parte, la final será en cancha neutral. Cada equipo jugará un mínimo de 32 partidos por año, sin contar instancias finales.
Gimnasia fue goleado en el Bosque, de donde se fue cuestionado por su gente y casi sin chances de clasificación a los playoffs.
El ídolo de la Selección argentina estuvo en el Bosque para ver Gimnasia vs. River. Su presencia llamó la atención del triperío.
Por otro lado, tal cual se había confirmado desde la Liga Profesional, para el 2025 se invierten las localías con respecto a lo que ocurrió en el 2024, por lo cual, Gimnasia será local por la fecha 13 en el Estadio del Bosque ante Estudiantes en el Torneo Apertura 2025, en lo que es el primer clásico platense de la temporada.
Tras un inicio con derrota, volvió a perder ante San Lorenzo por 2 a 0 en el Bosque de donde se fue silbado e insultado por hilvanar una nueva derrota en el campeonato. En el siguiente encuentro visitó a Independiente en Avellaneda y volvió a perder 2 a 0. En la antesala a la asunción de Diego Flores como entrenador, Fernando Zaniratto cerró su primer interinato al frente del plantel con un triunfo con toda autoridad por 3 a 0 sobre Godoy Cruz de Mendoza. En la siguiente parada del certamen y en el debut del Traductor, visitó a Lanús con un empate 0 a 0 en el Estadio Néstor Díaz Pérez.
Luego el Lobo visitó a Atlético Tucumán y se llevó un triunfazo en rodeo ajeno por 1 a 0 en un partido trabajado de principio a fin. Sin embargo, la buena racha del Lobo llegó a su fin tras una dura derrota por 1-0 ante Unión en Santa Fe.
Luego, recibió a Deportivo Riestra en el Bosque, donde empató 1 a 1 y salvó el resultado sobre el final. Antes de la fecha FIFA y en condición de visitante, el equipo de Flores visitó a Rosario Central donde perdió por 2 a 1 en un partido donde mereció mucho más.
En el Bosque ante Sarmiento empató 0 a 0 en un duelo disputado en la mitad de la cancha y apático para que el equipo se retire siendo reprochado por el hincha. El conjunto mens sana no pudo romper la racha negativa y perdió 2-0 frente a Talleres en su visita a Córdoba.
En otra edición del clásico platense frente a Estudiantes, el elenco Mens Sana comenzó ganando pero se le escapó sobre el final y empató 1-1 para llegar a los seis partidos sin victorias. Tras el derby, el Lobo cayó por 3 a 0 en el Bosque ante River en lo que fue un partido de sentencia para el conjunto de Diego Flores, que se fue insultado y cuestionado por su gente.
Contra Vélez en Liniers se jugaba la última chance de seguir con posibilidades de clasificar pero perdió 1-0 y quedó eliminado. Con la certeza de que estará Diego Flores en el banco, el Tripero terminará su campeonato frente a Platense el domingo 4 de mayo a las 15:30 en el Zerillo.