La mejor campaña albiazul se registró en la edición del 2016, cuando de la mano de Gustavo Alfaro llegó a la semifinal y fue eliminado por Ríver, que se terminó consagrando campeón. En esa temporada el Lobo, más allá de superar con éxito las fases iniciales, había dejado en el camino a Rácing por 1 a 0, en una noche consagratoria de Alexis Martín Arias, y luego a San Lorenzo en la definición por penales, tras igualar 2 a 2.
Gimnasia lleva disputados 14 partidos de Copa Argentina, dónde consiguió seis victorias, cinco empates y tres derrotas. Marcó catorce goles y recibió ocho. El goleador es el ex hombre de Arsenal, Ramiro Carrera con dos tantos. Entre los empates que lo llevaron a la definición desde el punto penal consiguió dos triunfos (Unión y San Lorenzo) y tres eliminaciones (Tigre, Excursionistas y Argentinos Juniors).
Troglio dirigirá su noveno partido en la Copa y es el entrenador que más veces estuvo en el banco, con ocho presentaciones (ganó tres, empató cuatro y perdió uno). Gustavo Alfaro dirigió cinco partidos, todos en el 2016, se impuso en tres, igualó en uno y cayó en la semifinal ante Ríver.
El compromiso restante en Copa Argentina, el único partido disputado en la edición 2017, fue dirigido por Leandro Martini y Mariano Messera y fue derrota ante Defensores de Villa Ramallo por 1 a 0 .