Luego de irse a préstamo por un año desde Estudiantes y destacarse en el fútbol chileno, fue oficializada la compra de un futbolista que había prometido en su llegada al Pincha pero no pudo resaltar. El equipo de Eduardo Domínguez recibe la primera gran liquidez para le mercado de pases y la segunda baja.
Tras la venta confirmada de Nehuén Benedetti, que seguirá su carrera en el New York Red Bulls con un contrato por cuatro temporadas más, el Pincha tendrá una segunda baja de cara a la próxima temporada y se trata de Javier Altamirano. La rompió en Universidad de Chile y ejecutaron la cláusula de compra.
Altamirano llegó a Estudiantes en agosto de 2023, con un contrato vigente hasta diciembre de 2026. Sin embargo, tras un paso irregular por el León, partió a préstamo con cargo hasta diciembre de 2025 a la U. de Chile. A dos meses de la finalización del vínculo, el gigante chileno arregló un nuevo contrato y confirmó la compra del futbolista hasta 2028.
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Javier Altamirano firmó su nuevo contrato y dejó de ser jugador de Estudiantes
En marzo de 2024, durante un partido ante Boca por la Copa de la Liga, sufrió una convulsión que lo obligó a pausar su carrera. Aunque logró recuperarse antes de lo esperado y volvió a entrenarse en la pretemporada, un accidente automovilístico volvió a marginarlo de las canchas justo cuando estaba por reaparecer. Fue a finales del año que pudo volver a jugar, en el duelo ante Central Córdoba en Santiago del Estero.