Luego de caer ante Central, Estudiantes se quedó sin posibilidades de continuar disputando el Torneo Apertura 2025.
Cerró la participación para Estudiantes en el Torneo Apertura 2025 donde tuvo su estreno con triunfo 3 a 1 ante Unión de Santa Fe en el Estadio UNO.
En las primeras fechas del certamen y luego de iniciar su recorrido con victoria, el equipo de Eduardo Domínguez visitó a Huracán donde empató 0 a 0 en el Estadio Tomás Duco. En la continuidad del certamen, recibió a Racing y ganó 2 a 0. En la fecha 4, empató 2 a 2 con Independiente Rivadavia. Luego, venció de local a Banfield 1 a 0 con gol de Lucas Alario, y empató 2 a 2 en su visita a Aldosivi en Mar del Plata.
Juan Sebastián Verón volvió a ser foco de las críticas de la dirigencia de River, por lo que se suma un nuevo capítulo a esta disputa.
La tercera de Estudiantes le dedicó el triunfo al histórico futbolista albirrojo y Juan Sebastián Verón no dejó pasar el gesto para agradecerlo en redes.
En la siguiente jornada recibió Central Córdoba de Santiago del Estero y ganó 3 a 2 en UNO. El invicto de Estudiantes se consolidó con un gran triunfo por 2-0 ante River en el Estadio Monumental, y fue turno de visitar a Defensa y Justicia en Florencio Varela donde perdió por 1 a 0 . Ante Newell's empató 1 a 1.
En su visita a Sarandí, Estudiantes cayó por 2 a 1 ante Barracas Central en un partido con polémica de por medio. Por la Fecha 12, el conjunto albirrojo perdió 1-0 de local frente a Belgrano. En una nueva edición del clásico platense contra Gimnasia, el equipo de Domínguez empató 1 a 1. Por la fecha 14, visitó a Boca en La Bombonera donde cayó por 2-0 y complicó sus chances de clasificación a los playoffs.
Por la fecha 15, empató sin goles ante Tigre y en la última fecha del torneo visitó a Argentinos Juniors donde cayó goleado 4-0 pero igualmente, gracias a otros resultados, obtuvo el pasaje a los octavos de final donde se encontró ante Rosario Central en el Gigante de Arroyito y cayó por 2 a 0 en un encuentro para el olvido en el que no pudo hacer pie a pesar de haber hecho el intento de ir a buscar el pase a cuartos, por lo que quedó eliminado del Torneo Apertura.