La década del 60’ fue trascendental para el Pincha. Con Mariano Mangano como presidente de la institución y el revolucionario Osvaldo Zubeldía como técnico, llegaron los primeros logros importantes en la era profesional para el club. La consagración en el Metropolitano del 67’ y el segundo puesto en el Torneo Nacional de ese mismo año, daban cuenta del progreso y el lugar que empezaba a ocupar Estudiantes en el fútbol argentino. Pero lo mejor estaba por llegar.
Aquel subcampeonato del 67’ le permitió jugar por primera vez la Copa Libertadores de América del año 1968 y comenzar a escribir una historia plagada hazañas. El debut fue contra Independiente en Avellaneda, el 27 de enero, en un partido caliente (ambos terminaron con nueve jugadores) que el Pincha terminó ganando 4 a 2 con dos goles de Felipe Ribaudo, uno de Juan Echecopar y otro de Juan Ramón Verón.
Estudiantes, además de con el Rojo, compartía esa primera fase de grupo con dos equipos colombianos: Millonarios y Deportivo Cali. En la segunda fecha visitó en el “Campín de Bogotá” a Millonarios y consiguió su primera victoria como visitante en la Copa. Fue 1 a 0 con un tanto de Eduardo Flores.
Cuatro días después, también en tierra colombiana, el León fue verdugo del Deportivo Cali en el mismísimo estadio “Pascual Guerrero” ganándole 2 a 1 con goles Carlos Bilardo y Eduardo Manera. Para ese entonces el Pincha ya se había ganado el respeto de todos a nivel continental y sorprendía no sólo por los resultados sino también por su particular forma de jugar.
Osvaldo Zubeldía cambió los paradigmas de ese entonces en el fútbol y había venido a cortar la hegemonía de los “clubes grandes” en la Argentina. Con un enorme y disciplinado espíritu de lucha, aquel plantel de Estudiantes privilegiaba el orden colectivo por sobre todo lo demás y se encargaba de estudiar a sus rivales de una forma inédita en esa época. El “laboratorio pincharrata” abría sus puertas para convertirse en un culto en la historia del club.
En la segunda fase dejó atrás a Independiente y Universitario de Perú. Según muchos de los jugadores pincharratas, el duelo con los peruanos fue uno de los más difíciles de aquella Copa. El León derrotó como local por 1 a 0 a la "U" en el último partido de esa instancia y aseguró su pase a la semifinales, donde lo esperaba otro club argentino.
Estudiantes estaba en semifinales y enfrentaba a Racing que era el último campeón del certamen. Con una contundente victoria 3 a 0 (goles de Fucceneco y dos de Juan Ramón Verón) en el partido de ida, el Pincha logró una cierta tranquilidad para encarar la vuelta. En el Cilindro consiguió un empate 1 a 1 y así se convirtió en finalista.
La serie de finales se daría ante el Palmeiras y tres partidos hicieron falta para definir quién se quedaría con la Copa. El primero se jugó en La Plata y el Pincha ganó por 2 a 1 comenzando con el pie derecho el duelo con los brasileros. Los goles para el León los convirtieron Verón y Eduardo Flores, mientras que Sirvílio había puesto en ventaja al Palmeiras. El choque de vuelta se jugó en el Pacaembú y los dirigidos por Zubeldía recibieron un duro revés y cayeron por 3 a 1. Todo se definiría en Montevideo.
Por aquel tiempo se jugaba un tercer partido, en cancha neutral, para definir el campeón en caso de que hayan ganado un encuentro cada uno de los equipos en la serie final. La cancha elegida fue el Estadio Centenario de Uruguay y una multitud viajó desde La Plata para alentar al equipo.
Aquel 16 de mayo de 1968 el Estudiantes de Osvaldo Zubeldía derrotó 2 a 0 al Palmeiras, con goles de Ribaudo y Juan Ramón Verón, consangrándose campeón de la Copa Libertadores de América. Las anécdotas de aquella hazaña aún hoy se escuchan en los pasillos del club, mientras los ídolos se mantienen intactos en la memoria de los hinchas y vivirán por siempre en la historia pincharrata.